饲养强群是防治巢虫最有效的措施，因为强群对巢虫的抵抗力强且即使受害损失也不大，而且要及时淘汰旧脾、清扫蜂箱让其无滋生之处，同时在冬季断蛾期进行一次彻底的预防。蜂螨多寄生于蜂体并繁殖于封盖房。
因此为了取得彻底的预防效果，最好在早春蜂王尚未产卵和晚秋蜂王停止产卵时蜂群内没有封盖子脾的有利时机用螨扑等杀螨药物来进行预防。蛹病在预防时要注意保持蜂场卫生，死亡的蜂蛹要集中烧毁，勿将病脾调入健康群，同时保持蜂群内蜂脾相称或蜂多于脾，每年秋末冬初对换下的蜂箱及蜂具用喷灯灼烧消毒一次。
不过，“白头蛹”一般多为巢虫为害所致，但并非所有的“白头蛹”都是巢虫引起的，因此养蜂人在处理时首先要搞清楚导致“白头蛹”的原因，然后再对症下药才会有较好的防治效果。巢虫主要危害群势较弱的蜂群。在巢脾中打隧道蛀坏巢脾和蛀食蜡质，将没封盖的大幼虫蛀坏成“尖头幼虫”，而封盖子脾则被蛀坏成“白头蛹”。
蜂螨是中蜂体外寄生虫，产卵于未封盖的幼虫房，繁殖于封盖的幼虫房，寄生于幼虫、蛹及成蜂体外并吸取血淋巴，受害严重的蜂群常出现幼虫和蛹大量死亡。蛹病是一种病毒性传染病，工蜂多在卵期和幼虫期受到感染，到蛹期则大量死亡，患病群出现“见子不见蜂”，从而使群势迅速衰减，受害严重者甚至全群死亡。