1、与气候环境转变有关，但罗布泊却最终干涸，楼兰古城变成了人迹罕至的沙漠戈壁，原因是什么一直是个科学之谜。后世的人们经过一系列的调查，发现青藏高原在几千年里有隆升现象，罗布泊的水域由南向北迁移可能加剧了干旱。再加上楼兰古城随着人口增加，人类伐树，拦水建坝，战争，种植等活动对水域系统进行破坏，罗布泊的水入不敷出，逐渐干涸。那么，楼兰古城消失的原因是什么呢？后世推测与气候环境转变有关，楼兰古国原本是古丝绸之路上的一个小国，但在公元630年突然神秘消失。
2、有可能遇上了瘟疫，因为遇上了流行的大瘟疫，楼兰人本就因为这场瘟疫所剩不多。而又因为楼兰人乱砍乱伐，导致水土流失。而楼兰人又想去找另一个家园，于是又弃城出走，结果在刚出城不久，就遇上了难得一遇的狂暴风沙天气。天灾人祸之后，楼兰人也所剩无几，楼兰人想另寻家园，重复楼兰古国的愿望也不得实现了。
3、失去了水资源，第三种说法是当年楼兰人在罗布泊边筑造了10多万平方米的楼兰古城，他们砍伐掉许多树木和芦苇，都水源的存储造成巨大的影响。没有了树木的保护，水源不能循环利用，都被渗透蒸发，最终楼兰失去了水资源而消亡了。
以上三种说法很好地解答了楼兰古城消失的原因是什么，其中最科学的说法就是与气候环境的转变有关系，并且这一说法是有地理依据的。至于其他两个说法则是一些网友们的猜测，虽然并没有证据支撑，但是也有一定的说服力。