仲尼式古琴和伏羲式古琴的区别在于样式不同。“琴”即中国古琴是最为古老的弦乐乐器，音域宽广，音色深沉，余音悠远，千百年来一直是中国古代文人、士大夫手中爱不释手的器物。特殊的身份使得琴乐在整个中国音乐结构中属于具有高度文化属性的一种音乐形式。在人们经见的琴式中，计有伏羲式、灵机式、神农式等等，而最为常见的，则是仲尼式。
古代造琴基本分为三类：一是圣人造琴，如仲尼式、神农式、伏羲式等;二是文人造琴，如落霞式、蕉叶式、连珠式等;三是帝王造琴，如襄王琴、潞王琴等。琴的式样是造琴人根据自己的审美趋向通过对琴身的变异而展示和发挥自己的艺术特色形成的，因此每一种琴的式样都反映出它自身的思想语言。
仲尼式是古琴中最常见的一款样式，它是属于圣人造琴的一类，由于它的名字叫“仲尼”，所以会让人马上联想到孔子，谁也说不清这种式样是否是孔子设计的，但是以“仲尼”命名的确很恰当，因为它是在所有琴里最简捷的一种，只在琴体的腰部和头部有两个凹进的线条，通体没有任何其他的修饰，他的简捷而流畅、含蓄而大方的造型最能体现儒家思想的中庸内敛的风格。
仲尼，即孔子，儒家思想的杰出代表，一位影响中国数千年的哲人。有人曾这样评价他：“天不生仲尼，万古如长夜。”由于孔于对古琴的提倡，文人中弹琴的风气很盛，并逐渐形成古代文人，必须备“琴、棋、书、画”修养的传统。孔子在提倡琴乐之初就教导说君子乐不去身，君子和琴比德，唯君子能乐。操琴通乐是君子修养的最高层次，人与乐合一共同显现出一种平和敦厚的风范。在孔子的时代，琴乐还不仅仅是后世的君子个人的修身之乐，更是容纳天地教化百姓的圣乐。于琴乐之中，孔子听到了文王圣德之声，师旷听出了商纣亡国之音，故古琴也称之为“圣人之器”。
