藿香正气水在一定程度上能治拉肚子。藿香正气水解表化湿，理气和中。用于外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿所致的感冒，症见头痛昏重、胸膈痞闷、脘腹胀痛、呕吐泄泻;胃肠型感冒见上述证候者。对于脾胃虚寒造成的腹泻有一定的改善作用，但是对于感染性腹泻来说，藿香正气水没有抗感染的作用，并且内含有酒精成分，可以刺激肠道，加重腹泻，所以对于感染性腹泻没有作用。
如果腹泻情况严重的患者，应及时去看医生，接受治疗。轻度患者则可以通过服用藿香正气水等药物来缓解症状，如果3天后腹泻的症状还没缓解，则应该去医院接受积极的治疗，以免严重影响了生活的质量。腹泻期间应该多喝水，补充液体，以免导致身体水电解质絮乱和脱水，严重影响身体健康，患者还需要保持乐观的心情。
藿香正气水的药理：药理实验证明，藿香正气水有镇吐作用。藿香正气水对醋酸刺激性疼痛反应(扭本法)有明显镇痛作用。藿香正气丸(水)对兔离体十二指肠有明显的抑制作用，并能对抗拟胆碱药所引起的肠痉挛;对拟胆碱药引起的狗及兔在体肠痉挛有明显的抑制作用。能对抗水杨酸毒扁豆碱引起的肠痉挛，其效果与阿托品对肠痉挛的作用相似。对离体肠平滑肌的自发活动有抑制作用，又能对抗氯化钡引起的肠痉挛，故对肠管平滑肌尚有直接抑制作用。藿香正气水对离体豚鼠、兔十二指肠的自动收缩及对组胺、乙酰胆碱、氯化钡所致的回肠收缩均有良好的解痉作用，并可对抗垂体后叶素引起的小鼠子宫收缩。
增强细胞免疫功能：用硫酸镁致腹泻的小鼠，经用藿香正气丸治疗，其外周血淋巴细胞渗入3H-TdR(氚标的胸腺嘧啶核苷)指数增高，而对照组比正常组(不致泻)低，给药组则接近正常组水平。揭示藿香正气丸能提高小鼠免疫功能，并能促进受损伤的肠段修复。
