琼州海峡宽20~40公里,最窄处18公里,面积0.24万平方公里,平均水深44米,最大深度114米。和渤海属于中国的内海。政治上的内海位于广东省雷州半岛和海南岛之间,西接北部湾,东连南海北部,呈东西向延伸,长约80公里。
海峡全部位于大陆架上,海底地形周高中低,为—北东—南西向狭长矩形盆地,中央水深80~100米,东、西两口地势平坦,水深较浅。海峡区海流较强,夏季西南季风盛行,海流自西向东流动,流速大,其他季节均由东向西流动,流速小。海峡是东南沿海进入北部湾的海上要冲。
在中国华南地区,海南岛与大陆上广东省的雷州半岛遥遥相望。它因海南岛又名琼州岛而得名。它是我国的三大海峡之一。琼州海峡最宽处直线距离为33.5公里。
琼州海峡南岸南渡江三角洲凸出于海峡中,其突出点成为海峡南岸东端的岬角,后海至天尾间的礁石群便成为南岸西端的岬角。北岸西端的突出点为灯楼角,东端的突出点为排尾角。琼州海峡与渤海海峡、台湾海峡比较,有四点相异之处:地理纬度低;是岛屿与半岛之间的水道;海峡海底地形是一个潮流深槽;海峡中没有岛屿。琼州海峡连通北部湾和珠江口外海域,是海南省和广东省的自然分界。
从地质学上讲,琼州海峡位于海南岛和雷州半岛断陷的中部,而断陷指的是受地壳断裂带造成的地块下陷。根据最新研究,从晚第三纪(距今2500万年前—250万年前)开始,由于地壳断裂和地块差异性运动,导致雷州半岛与海南岛之间地块断裂下沉,形成地堑式凹陷。冰后期海平面上升,海水淹没了凹陷潮流的反复冲刷,波浪和河流的长期塑造,最终形成今日的琼州海峡。
琼州海峡两岸的海岸曲折,呈锯齿状,岬角和海湾犬牙交错,而它的海底基本上是个潮流通道,其大体组成为一个中央潮流深槽及东西两端两个潮流三角洲。深槽是潮流强烈冲刷的地方,槽内地形起伏不定,深槽主槽轴水深大于80米。在深槽形成的深水盆地中,却还断断续续地分布着椭圆形的隆起地形,它是由潮流冲蚀而成的。