鱼不需要剖肚，在挖出鱼腮时，可用筷子伸入掏净内脏。在烤架上先刷一点油再放鱼，取下时便不会粘鱼皮。在烘烤过程中，可撒少许盐在鱼皮上，烤好的秋刀鱼味道会更香。秋刀鱼等青皮红肉鱼类在适度环境中会产生组胺，引起组胺中毒（过敏性中毒），选购时，要特别注意鲜度质量，尽量加醋烧煮或油炸。建议秋刀鱼装碟时，可洒上炒过的白芝麻，或者挤点新鲜的柠檬汁提味。
新鲜的秋刀鱼买回家后如果不马上食用，就要用保鲜膜包好放在冰箱冷藏室里，1-2天内尽快烹饪。如果放在冷冻室里，则可以保存3个月甚至更久，但滋味与口感都会大打折扣。秋刀鱼生鱼片近年来开始逐渐流行起来。秋刀鱼寿司则并不是全日本十分普及的菜式，只是纪伊半岛、志摩半岛等一些沿海地区的区域性食物。制作寿司用的秋刀鱼肉要先用盐和醋（有时用柠檬汁）进行腌制后方可使用。
秋刀鱼含有EPA和DHA，可降低血胆固醇、三醇肝油脂，且降低血压，避免血凝块，有益于高血压或冠状动脉硬化者；含有的丰富的维生素B可以延缓衰老；秋刀鱼背上肉色发黑的部分，含有很多防治贫血的维生素B12。
秋刀鱼是日本料理中最具代表性的秋季食材之一，最常见的烹制方式是将整条鱼盐烤，搭配白饭、味噌汤、萝卜泥一同食用。秋刀鱼的鱼肠有苦味，但是大多数食客并不把鱼肠去除，而是用酱油或柠檬汁来给盐烤秋刀鱼调味。他们认为酱油的咸鲜味或柠檬的酸味与鱼本身的苦味相结合，才是秋刀鱼的最佳风味。此外，盐烤秋刀鱼也是韩国料理中的一道菜肴。蒲烧秋刀鱼是另一种比较常见的烹制方式。
