长庆四年（824年）八月，韩愈因病告假，同年十二月二日（12月25日），韩愈在长安靖安里的家中逝世，终年五十七岁。获赠礼部尚书，谥号文。长庆五年（825年）三月，韩愈葬于河阳。众所周知，中唐“古文运动”的著名倡导者、对古文运动作出突出贡献的大儒韩愈主张“儒学复古”，以辟佛道为号召，乃一时思想文化界反宗教迷信的领袖人物。
他写的《谢自然》对神仙飞升进行了揭露与讽刺，也写过《李于墓志》这样的强烈批判丹药之害的文章。请看他对丹药之害的描写：“……从受药法，服之，往往下血。比四年，病愈急，乃死。……余不知服食说自何世起，杀人不可计，而世慕尚之益至，此其惑也。在文书所记及耳闻相传者不说，今直取目见亲与之游而药败者六七公，以为世诫……”（《韩昌黎集》卷三四）接下来，韩愈一一提到这些服药而死的人中毒所受的苦痛，并感叹他们至死不悟的可悲。
然而，正是这样一个深明丹药之害的人，却恰恰是死在了丹药之毒上。白居易在他的《思旧》诗中写道：“闲日一思旧，旧游如目前。再思今何在？零落归下泉。退之服硫磺，一病迄不愈。微之炼秋石，未老身溘然。杜子得丹诀，终日断腥膻。崔君夸药力，经冬不衣绵。或疾或暴夭，悉不过中年。惟余不服食，老命反延迟……”
这里的“退之”指的正是韩愈。其余“微之”是元稹，“杜子”乃杜元颖，“崔君”即崔玄亮，都是当时名重一时的名士。然而，自宋以来，儒家学者一再为韩愈之死辨白。洪兴祖《韩文公年谱·元和十年》附录《增考》中引方崧卿的话力陈白诗中的“退之”是指卫中立而非韩愈。后来历代学者都以此为然。考其说法，证据大致有三：一是韩愈在上所引的《李于墓志》以及多篇文章中曾痛数丹药的危害，谅不致再饮服。这是比较有力的。
二是韩愈自言“寿出其兄会”，李翱在他的《韩公行状》（《李文公集》卷一一）中虽然没有写到韩愈是怎么死的，却提到过韩愈说自己的伯兄“晓方药，食必视《本草》，年止于四十二。余疏愚，食不摘禁忌，位为侍郎，年出伯兄，……如又不足，于和而足”的话。另外，还有张籍《祭退之》中说“公有旷达识，生死为一纲”等等，可见他深知止足，不致失此大节。这一点就有些想当然了。第三点原因是最扯的，说是白诗中列的其他人不能和韩愈并列，所以韩愈是不会出现在该诗中的。
