将大豆提前浸晚上，这样煮的时省时。放进清水锅中。煮约四十分钟，煮至大豆发软用手一捏便烂则可。将豆子捞出。将香椿叶焯水。将大豆与香椿叶控干水分将香椿叶铺在干净的容器中。再将大豆铺在香椿叶上再用香椿叶盖上大豆。用纱布将容器封住。放置三天。三天后纳豆便好了。
.准备好黄豆和水。将黄豆放入两倍左右的水，然后放在电瓦罐里面慢慢的煲，煲五六个小时一直到黄豆可以用手指按压成为泥状就行。然后将其倒入到一个不锈钢的碗里面放进酸奶机里加入一点开水，接着盖上一层保鲜膜在上面。并且要在保鲜膜上面用牙签来插一些洞，其目的在于能够让黄豆达到透气的效果。等到两天以后你就会发现在黄豆上面会有白霜出现，用勺子搅动还会有拉丝出现，而纳豆也就由此做好了。
其实传统的制作大豆发酵食品，比如：豆豉，大酱，酱油，腐乳都是不加菌种发酵的。但这并不是没有细菌的参与发酵。广大劳动人民有意或无意中总结出来的发酵方法，常常非常奇妙，会刻意营造一种特别适合某一类细菌生长的条件，从而产生一种比较确定的发酵产物。
比如我国东北，山东一带的民间流行的“臭豆”或“酱豆”，就是不加菌种发酵的黄豆。蒸软的黄豆保持40度的温度，就会招引来空气中的细菌，就像食物放久了会腐败变质。当细菌大量繁殖，就会发酵黄豆，使黄豆拉出长长的粘丝。
自然发酵的黄豆，常常是空气中有什么菌就是什么菌，具有不确定性和多样性，如果是腐败菌大量繁殖，那就不是发酵而是腐败了。所以不用菌种的发酵，很容易变质。从安全角度考虑，自然发酵的食品一定要加热灭菌以后再食用。日本传统用稻草发酵的纳豆，也很容易发酵失败，因为稻草上不光有纳豆菌，还有其他细菌。现在我们所处的环境污染严重，还有农药和化肥的大量使用，利用稻草发酵纳豆变得很不安全。
