水蛭咬人时是无毒的，但药用是有毒的。历代医家对水蛭毒副作用的认识自《本经》将水蛭收入药用之后，几千年来，对水蛭是否有毒毒副作用大还是小始终存有分歧，各家众说不一。
由于上千年来，对水蛭是否有毒的认识分歧，不可否认地对水蛭药用价值的发挥产生了一定影响。如：其一，畏其“有毒”要求炙后入药，以减轻其“毒性”。实则有可能在炮制过程中损失了部分有效成分，降低了疗效。畏其“有毒”，众多医书在方剂中使用的剂量上作出了低量的限度，也无形中制约了其药用价值的发挥。本文在后一节中还将论述。
其二，畏其“有毒”，无形中影响了其临床使用范围，至使不能大胆应用于治疗一些疑难病症，出现了多年来一直沿用古传方剂，发展缓慢的局面。直至近年间，才使水蛭用于治疗疾病的范围有重大扩展，剂型有所改进。其四，畏其“有毒”，未能将其作为研究的重点，因而到目前为止，对其化学成分的分析研究仍缺乏系统性、完整性。
随着现代医学科学技术的发展，以及临床应用的不断深入，人们对水蛭的“毒性”问题逐步有了更深入的认识，有些可以认为是突破性的进展。近年来，大量的临床实践表明，水蛭入药不论是单方，还是复方；不论是服生粉，还是入煎剂服用：不论是短期服用，还是长期服用。均取得明显的疗效，很少见毒副作用。前文中已经提到服“脑血康”口服液“未发现毒副作用”，“大黄廑虫丸”有服药三年无明显毒性表现者”。
